سه لفظ مذکور، دارای مفاهیم و معانی متمایز اما مرتبط با یکدیگر هستند. همان‏طور که اشاره گردید حاکمیت، قدرت عالی سازمان یافته ‏ای تلقی می شود؛ درحالی که مشروعیت به ایجاد پذیرش اجتماعی قدرت برای اعمال بر شهروندان اشاره دارد؛ بدین معنا که آیا قدرت سیاسی عالی و چگونگی به قدرت رسیدن آن در زمان و مکانی معین مورد پذیرش شهروندان بر می‏ گردد.

اگرچه در ایران “حقوقدانان و فقهای نظریه حداکثری ولایت فقیه” معتقدند که‏ ولایت فقیه و حاکمیت، مشروعیت خود را از خداوند کسب کرده است و تنها مقبولیت خود را از مردم گرفته است و مشروعیت به مفهوم منطبق بودن با موازین شرعی و اسلامی است.

در خصوص منشاء حاکمیت دو دیدگاه کلی وجود دارد:

الف) نظریه حاکمیت الهی (تئوکراتیک).

ب) نظریه حاکمیت دموکراتیک ( حاکمیت مردمی – ملی).