سه لفظ مذکور، دارای مفاهیم و معانی متمایز اما مرتبط با یکدیگر هستند. همانطور که اشاره گردید حاکمیت، قدرت عالی سازمان یافته ای تلقی می شود؛ درحالی که مشروعیت به ایجاد پذیرش اجتماعی قدرت برای اعمال بر شهروندان اشاره دارد؛ بدین معنا که آیا قدرت سیاسی عالی و چگونگی به قدرت رسیدن آن در زمان و مکانی معین مورد پذیرش شهروندان بر می گردد.
اگرچه در ایران “حقوقدانان و فقهای نظریه حداکثری ولایت فقیه” معتقدند که ولایت فقیه و حاکمیت، مشروعیت خود را از خداوند کسب کرده است و تنها مقبولیت خود را از مردم گرفته است و مشروعیت به مفهوم منطبق بودن با موازین شرعی و اسلامی است.
در خصوص منشاء حاکمیت دو دیدگاه کلی وجود دارد:
الف) نظریه حاکمیت الهی (تئوکراتیک).
ب) نظریه حاکمیت دموکراتیک ( حاکمیت مردمی – ملی).