مرجع رسیدگی به تخلفات انتظامي، سازمان نظام پزشكي است و مرجع رسيدگي به جرائم پزشکی، دادسرا و دادگاههای كيفري مي باشند. و هیچکدام مانع رسيدگي ديگري نيستند و چنانچه عمل پزشك در زمره تخلفات انتظامي و جرائم باشد، مراجع انتظامي و مراجع قضایي هر دو طبق صلاحيتهای خود مكلف به رسيدگي می باشند. سازمان نظام پزشكي مرجع رسیدگی به تخلفات انتظامی است. برخورد نامناسب پزشك با بيمار در حیطه تخلفات انتظامی بوده و در صورت اثبات مجازات هایی از قبیل محرومیت‌ 3 ماه تا 1 سال، 1 سال تا 5 سال، و نیز محرومیت دایم‌ از اشتغال‌ به‌ حرفه‌های‌ پزشکی‌ و وابسته‌ به دنبال دارد.

 رسيدگی در سازمان نظام پزشكی پس از طرح شكايت از سوی بيمار يا خانواده وی يا ارائه گزارش تخلف از سوی بازرسان سازمان یا سایر مراجع قانونی و با ارجاع موضوع مورد اختلاف به شورای حل اختلاف مستقر در نظام پزشكي شروع شده، و چنانچه اين شورا موفق به سازش و مصالحه شد، پرونده مختومه می شود و در غير اين صورت، پرونده مربوطه به دادسراي انتظامي ارجاع داده مي شود.