اجرای احکام آخرین مرحله دادرسی های کیفری است. در حقیقت هدف از رسیدگی های کیفری این است که در صورت احراز وقوع جرم و صحت انتساب آن و محقق بودن مسئولیت کیفری متهم، مجازات و ی اقدامات تأمینی و تربیتی درباره ی متهم به موقع اجرا گذاشته شود تا در جامعه هیچ بزه کاری بدون کیفر باقی نماند. مراحل مختلف دادرسی کیفری، بدون این که توأم با اجرای حکم باشد، آن قدرت و توان را ندارد که هدف های مجازات را برآورده سازد. می توان گفت اجرای حکم بهره برداری از دادرسی های کیفری بوده و عدم اعمال مجازات، در نقطه ی مقابل آن است؛ زیرا نتایج و ثمرات دادرسی ها کیفری را از بین می برد. بر اساس مواد ۴۸۴ – ۴۸۵ – ۴۹۰ الی ۵۰۱ – ۵۱۰ الی ۵۱۲ قانون آیین دادرسی کیفری. مسئولیت اجرای احکام و نحوه آن بدین شرح می باشد:

اجرای احکام کیفری بر عهده دادستان است و «معاونت اجرای احکام کیفری» تحت ریاست و نظارت وی در مناطقی که رییس قوه قضاییه تشخیص می دهد، در دادسرای عمومی عهده دار این وظیفه است. معاونت اجرای احکام کیفری، مددکار اجتماعی، مأمور اجراء و مأمور مراقبتی در اختیار دارد. وظایف قاضی اجرای احکام کیفری  عبارت است از:

الف) صدور دستور اجرای احکام لازم الاجرای کیفری و نظارت بر شیوه اجرای آنها.

ب) نظارت بر زندانها در امور راجع به زندانیان.

پ) اعلام نظر درباره زندانیان واجد شرایط عفو و آزادی مشروط مطابق قوانین و مقررات.

ت) اعطای مرخصی به محکومان بر اساس قوانین و مقررات.

ث) اتخاذ تصمیم درباره محکومان سالمند، مبتلایان به بیماری های روانی و بیماریهای جسمی صعب العلاج و سایر افراد محکوم نیازمند به مراقبت و توجه ویژه، از قبیل صدور اجازه بستری برای آنها در مراکز درمانی بر اساس ضوابط و مقررات.

ج) اجرای سایر وظایفی که به موجب قوانین و مقررات برای اجرای مجازات ها وضع شده یا برعهده قاضی اجرای احکام کیفری یا ناظر زندان قرار گرفته است.

آراء کیفری در موارد زیر پس از ابلاغ به موقع اجراء گذاشته می شود:

الف) رأی قطعی که دادگاه نخستین صادر می کند.

ب) رأیی که در مهلت قانونی نسبت به آن واخواهی یا درخواست تجدید نظر یا فرجام نشده باشد یا درخواست تجدید نظر یا فرجام آن رد شده باشد.

پ) رأیی که مرجع تجدید نظرآن را تأیید یا پس از نقض رأی نخستین صادر کرده باشد.

ت) رأیی که به تأیید مرجع فرجام رسیده باشد.

هرگاه رأیی، در خصوص اشخاص متعدد صادر شده باشد و در موعد مقرر بعضی از آنان اعتراض و یا درخواست تجدید نظر یا فرجام کرده باشند، پس از گذشت مهلت اعتراض و یا تجدید نظر یا فرجام در مورد بقیه لازم الاجراء است.

محکوم علیه برای اجرای رأی احضار می شود و در صورت عدم حضور، به کفیل یا وثیقه گذار اخطار می شود تا محکوم علیه را برای اجرای رأی تسلیم کند. در این صورت، قاضی اجرای احکام کیفری می تواند به طور همزمان دستور جلب محکوم علیه را صادر کند.

اجرای حکم محکومیت کیفری با دادسرا می باشد و دستور اجرای حکم را دادستان یا احداز دادیاران صادر می کند.

نکته ای که باید بیان کرد این است که آیین رسیدگی به سایر جرایم پزشکی همانند افشای اسرار بیماران، صدور گواهی نامه خلاف واقع و…همانند سایر جرایم می باشد.